siRNA（小幹擾RNA）、shRNA（短發夾RNA）和RNAi（RNA幹擾）是密切相關的概念，指的是細胞利用RNA分子調節基因表達的一種機制。

RNAi是發生在細胞中調節基因表達的一個自然生物過程。

它涉及使用小RNA分子，如siRNAs或microRNAs (miRNAs)，有選擇地瞄準並降解攜帶制造蛋白質指令的特定信使RNA (mRNA)分子。這一過程有效地沉默或減少瞭目標基因的表達。

siRNA是一種可以在實驗室中合成的RNA分子，用於誘導細胞中的RNAi。

它通常是一種雙鏈RNA分子，被設計為與特定mRNA分子互補。一旦siRNA被引入細胞，它就會被細胞機制處理成更小的RNA分子，稱為小幹擾RNA（siRNA），然後與目標mRNA結合並觸發其降解，從而減少目標基因的表達。

shRNA是一個單一的RNA分子，它自身折疊形成一個發夾結構。

像siRNA一樣，它可以被設計成與特定的mRNA分子互補。一旦shRNA被引入細胞，它就會被細胞機制處理成類似siRNA的分子，可以與目標mRNA結合並觸發其降解，導致目標基因的表達減少

RNAi幹擾模式

siRNA和shRNA的主要區別在於其結構和傳遞方式

siRNA通常從細胞外傳遞到細胞，shRNA則通常從DNA模板在細胞內表達，該模板通過轉染或病毒轉導被引入細胞。shRNA被細胞機器轉錄成發夾狀的RNA分子，其中包含目標mRNA的有義和反義鏈。然後，發夾結構被細胞機器加工成類似siRNA的分子，能與目標mRNA結合並降解。

siRNA通常在短時間內有效，而shRNA可以穩定地整合到細胞的基因組中，允許長期基因敲除。

shRNA作用機制

雖然siRNA是RNAi研究中常用的工具，但還有其他類型的RNA分子也能誘導RNAi，如微RNA（miRNA）和短發夾RNA（shRNAs）。這些分子與siRNA相似，可用於靶向特定mRNA分子並誘導其降解，但它們的結構和作用機制不同。

如何選擇：siRNA還是shRNA？

siRNA通常用於短期基因敲除實驗，因為它可以直接傳遞到細胞或組織中，並在相對較短的時間內有效。當目標是同時敲除多個基因時，它也很有用，因為可以設計不同的siRNA來針對不同的基因。

shRNA對長期基因敲除實驗很有用，因為它可以穩定地整合到細胞的基因組中，並在較長的時間內表達。當目標是創造穩定的細胞系，減少特定基因的表達，或研究體內基因敲除的效果時，它也很有用。

在傳遞方面，siRNA可以通過各種方法傳遞到細胞，包括轉染、電穿孔或病毒轉導。ShRNA通常通過病毒轉導傳遞，因為這樣可以穩定地整合到基因組中。