PCR实验小问题③——引物二聚体

我们都知道聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)虽然特异性强、敏感度高,但是它的优点也会放大我们操作过程中的某些小失误,从而导致PCR结果出现各种令人头痛的试验结果,比如非特异性扩增和条带失踪等。这两种结果的可能原因在之前的文章中已经详细介绍过了,今天我们来聊聊出现引物二聚体的可能原因和解决方法!

在体系中添加引物是想要其结合到模板链上,进行目的片段的扩增。但是,有些引物非常“不自觉”!因为其自身或者其他原因,导致引物的3’端在Taq酶的作用下发生了部分堿基互补,并且沿着引物片段继续延伸形成的小片段DNA双链,体现在跑胶结果中就是在几十至一两百bp处出现弥散状条带阴影。我们辛辛苦苦花钱合成的引物,又辛辛苦苦、一丝不茍添加到体系里,怎么能让它浪费在引物间自连这种,即影响结果,又浪费感情的事情上呢!所以我们要减少引物二聚体的出现!都有什么好办法,快来一起看看吧!

①引物自身没设计好。引物设计的不好,自连系数过高会导致引物二聚体的出现,重新设计引物才能从根本上解决问题!

②模板。模板有问题,引物结合不上去;或者体系中模板的量少,浓度低,都会导致引物“没事干”,引物自连的可能性蹭蹭蹭的往上涨!所以要摸索出适合这对引物的最佳体系。

③Taq酶的量太多,Mg2+的浓度过高,体系的扩增性能太好了,引物的自连系数也跟着变高了,所以一个恰当适中的扩增体系是非常必要的。

④在反应结束后应尽快进行琼脂糖凝胶电泳。有的前辈已经试验过了,扩增产物在室温放置时间过长的话Taq酶会将多余的引物合成为二聚体,所以各位小伙伴要合理安排试验时间,尽量将试验一气呵成,耽搁的时间越久,试验结果的变数也就越大。

⑤以扩增产物为模板进行二次PCR,这样可以提高反应的特异性,减少引物二聚体,但是产物因为进行过反复的扩增,导致其浓度非常高,所以使用前可以进行稀释,一般100倍左右即可,但是也要因为产物的浓度进行调整啦!

一千对引物,有一千种实验结果,更可能有不止一千种的意外发生,所以做实验要持之以恒。好的实验态度是成功的一半,那么另一半当然就是可靠的试剂与仪器啦!三狮生物2×Taq PCR Master Mix(Taq酶预混液),科学配比添加了DNA Ploymerase、PCR Buffer及dNTP Mix等多种PCR原料,有含染料与不含染料(电泳时所必需的色素试剂)两种供您选择,您只需要添加模板、上游引物、下游引物和dd水便可进行PCR反应,灵敏度高,特异性强,线性范围广,简单方便。另有普通PCR,荧光定量PCR的全线产品,为您的试验保驾护航!

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