【GWAS神器教程1】PLINK在Windows系统中的安装和加载数据Step-By-Step
PLINK软件最早由哈佛大学肖恩·珀塞尔（Shaun Purcell）等人于2007年开发，是一款免费但功能强大的开源基因数据工具集；也是遗传社会科学研究中，用于研究人类复杂行为特征的主流全基因组关联分析软件。PLINK一般是在Linux系统中运行，但考虑到大部分读者日常使用的依然是Windows系统，本次推送将介绍如何在Windows系统安装和操作PLINK。万事开头难，尤其对于社科和人文科学的小伙伴们而言，学习一个新的软件时，能够顺利安装和打开数据文件可以说就成功了50%！这就是本教程的目的，让我们一步一步来感受PLINK简陋外表下的强大内涵。
本教程用到的bim/fam/bed样例数据可在以下地址下载（提取码：mjhj）：
链接：https://pan.baidu.com/s/1F629B5eEFmTFVK6zELdYiQ
解压后需要将genoeconomic_hapmap.bim、genoeconomic_hapmap.fam、genoeconomic_hapmap.ped三个数据共同移入工作路径下以供PLINK调用。
1、PLINK下载
PLINK 1.90 Beta版可以在官方网站https://www.cog-genomics.org/plink/上根据所使用的操作系统免费下载。这里如果使用的是Windows操作系统，可以选择Windows 64-bit或Windows 32-bit文件下载。将下载好的文件解压缩后移动到待使用的工作目录下，确保其中包含plink.exe文件。
2、在Windows系统中打开命令提示符应用
命令提示符是模拟MS-DOS中可用命令行功能的Windows程序。PLINK的使用不需要安装，但需要我们用到Windows的“命令提示符“应用（不能通过直接双击plink.exe打开PLINK），步骤是：点击Windows左下角搜索图标，输入“cmd”和回车，即可打开“命令提示符“应用。
3、在命令提示符应用中打开PLINK
由于我们现在在MS-DOS环境下，所以需要使用”cd“命令来改变工作路径至存放plink.exe文件的路径。这里我将plink.exe文件存放在了”C:UserszhuDocumentsmyplink“目录下，所以首先需要在命令提示符中输入命令：
cd Documentsmyplink
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