出於政治和實際原因，拿破侖三世急於在墨西哥建立一支強大的本地軍事力量，顯示墨西哥是“真正的獨立國傢”，以便減輕法軍的負擔，並協助進行所謂的“反遊擊戰爭”。最初他們隻是一支混雜法國人和墨西哥人的軍隊，但很快墨西哥帝國軍成長為一支成熟的力量，由正規軍、支援正規軍的輔助部隊和鄉村民兵組成。

在1863年10月成立之初，墨西哥帝國軍由6個步兵營，6個騎兵中隊，1個偵查中隊，1個炮兵連和正規軍中的傷殘部隊組成，約7.000人。輔助部隊有10個步兵營，1個野戰炮連，1個山地榴彈炮兵班，總共3. 800人。另有11個附加輔助小單位，共2. 300人。

一個帝國衛隊團也得到批準組建，帝國軍發展迅速，1864年夏天已擴展到19. 437人。到瞭第二年（1865），馬克西米利安皇帝有瞭自己的總參謀部，並重組瞭軍隊，包括12個步兵營，2個輕步兵營，6個騎兵團，12個省駐防騎兵連。1個野戰炮兵營：包括6個連。1個炮兵團：包括4個山地炮兵連和4個馬炮連。1個工程師兵團和1個工兵營。1支由醫生，運輸車隊和其他輔助人員組成的行政隊伍。1支憲兵部隊和1個精銳宮廷衛隊連（Palatine Guard）。

這支軍隊的正式編制為1. 164名軍官和22. 374名正規軍士兵。

由於在戰時，帝國軍通常不能按紙面組織。本應有800人的營通常少於400人。據報道，1865年10月，該部隊的總兵力為7. 658名正規軍士兵、9. 432名輔助部隊士兵、12. 263名鄉村民兵和憲兵，總兵力約29.353人。

顯然，這支軍隊的大部分任務是承擔警察的職責，打擊共和黨遊擊隊和土匪。這是對共和黨既定方針的必要應對，他們避免同所有法國或帝國軍進行正規作戰，並集中精力進行遊擊戰襲擊沒有武裝的縱隊或哨所。

還有來自奧地利和比利時的外國軍隊志願人員，這些人始終隻是少數。雖然批評者會對此頗有微詞，但墨西哥帝國軍中的絕大多數隊伍是墨西哥人。

所有這些群體間的關系並不是那麼融洽。法國人普遍不屑於他們遇到的任何墨西哥人（不管他們是共和黨還是帝國的支持者），並且普遍不滿意比利時人。同樣由於近期發生在歐洲的沖突，奧地利人不太喜歡法國人。

指揮這支軍隊的是一些非常有經驗和才華的墨西哥軍官。在更高級的將軍中，有在德州獨立戰爭中服過役的胡安. 阿爾蒙特將軍（Juan Almonte），以及在該戰爭期間擔任墨軍軍需官的法國人艾德裡安. 沃爾（Adrian Woll）。沃爾也參加瞭美墨戰爭，而阿爾蒙特在戰爭爆發前是墨西哥派往美國的使節。

胡安. 阿爾蒙特

艾德裡安. 沃爾

何塞.馬裡亞諾. 德.薩拉薩斯（Jose Mariano de Salas）將軍，曾在德州獨立戰爭期間服務，在阿拉莫指揮過一支突擊縱隊。他是馬克西米利安抵達前攝政委員會的成員。他的年齡使他無法作為現役軍人，但他仍是墨西哥帝國軍隊的將軍。

馬裡亞諾. 德. 薩拉薩斯

墨西哥史上最年輕的（前）總統米格爾. 米拉蒙（Miguel Miramon）也許是最傑出的將軍。他曾在歐洲四處奔波遊說，在墨西哥建立歐式君主立憲制，最終成為帝國軍元帥，被皇帝派到柏林研究最新的軍事理論。後來他在帝國最後的日子裡回到墨西哥指揮一個師，並在皇帝的背水一戰中指揮步兵，最終與他的君主一起被處決。

8cb6c72460d674aae231668e2f31138d米格爾. 米拉蒙

萊昂納多.馬爾克斯將軍，外號“塔庫瓦亞之虎”（Leonardo Marquez, the Tiger of Tacubaya），他是改革戰爭中的老將，被任命為太平洋沿岸地區的指揮官，後來在徹底的失敗前保衛墨西哥城，最終逃到古巴免於一死。

萊昂納多. 馬爾克斯

還有一位改革戰爭中的保守黨老將，托馬斯. 梅西亞將軍（Tomas Mejia），他出身原住民奧托米族，他指揮帝國北方的軍隊，駐紮在美墨邊境城市馬塔莫羅斯附近。在他整個軍事生涯中，他的才華和品行都很出眾。在克雷塔羅的最後一戰裡，他指揮帝國的騎兵，後來與米拉蒙和皇帝一起被殺。

托馬斯. 梅西亞

稍低一級的軍官裡還包括一些非常有才華的外國軍官。團長中有領導比利時軍團的上校阿爾弗雷德.范.德.西森男爵（Baron Alfred Van der Smissen）；指揮奧地利軍團的波西米亞人，圖恩-霍恩斯坦伯爵弗朗茨將軍（Franz Graf von Thun-Hohenstein）。還有些在美國內戰後退役的軍官，如菲利克斯. 楚. 薩爾姆-薩爾姆王子（Prince Felix zu Salm-Salm），他曾在奧軍服役，南北戰爭中在北軍擔任準將，後來他成為墨軍上校並擔任皇帝的私人副官；還有弗吉尼亞的約翰. B. 馬格魯德少將（John B. Magruder），他是南軍的老將，在墨西哥服務期間為帝國軍作瞭一些最早的全面評述。

薩爾姆-薩爾姆傢族的菲利克斯

還有許多出色的南軍將軍來到墨西哥為皇帝服務，但是是以個人的身份。另一些是自願參加的普通士兵。大多數將軍像馬格魯德一樣，被遣返回美國。但菲利克斯王子被胡亞雷斯黨俘虜，戰爭結束後靠他原住民妻子的活動才逃脫回國。

4b36d0f4df6a106572133396ef44d890南軍將領馬格魯德，被皇帝批準成為墨西哥公民

當法國軍隊明顯要放棄墨西哥時，馬克西米利安皇帝不得不采取行動減輕失去力量帶來的打擊。1866年5月和6月，帝國軍新組建瞭9個輕步兵營，每營400人，他們構成瞭墨西哥帝國軍精銳的核心力量，以填補即將離開的法軍的地位。這些營由法國軍官指揮，由留下的法國士兵和墨西哥士兵混編而成，皇帝重賞有資歷的法國人，以鼓勵他們自願留在墨西哥。同時擴大軍隊以彌補法軍離開後的力量真空。

到1867年初，墨西哥帝國軍至少在編制上發展到瞭18個步兵營，9個新獵兵或輕步兵營，10個騎兵團（包括1個匈式驃騎兵團和1個皇後衛隊龍騎兵團Empress Guard Dragoons），一支包括4個要塞炮兵連和8個野戰炮兵連的炮兵部隊，一支工程師團隊和3個連的工兵，擁有1個步兵營和1個騎兵中隊的墨西哥城城市衛隊（Municipal Guard of Mexico City），以及最後的憲兵和宮廷衛隊。另外必須提及，皇帝還誘使相對較少的外國部隊留瞭下來，而且其中許多部隊都遠遠不夠，一些營隻有200人。

在整個沖突期間，外國派遣軍被認為是最好的，考慮到他們的祖國會確保他們的訓練，裝備和質量比任何墨西哥本地軍隊都要好，這點也不足為奇。奧地利部隊幾乎在帝國軍中占據瞭突擊隊的地位，隨後帝國軍的制服也出現瞭極具奧地利風格的外觀。這些人不僅是奧地利人，還有來自哈佈斯堡君主國各個地區的志願者，有匈牙利人，波蘭人，斯諾文尼亞人，其中許多人希望在墨西哥定居。當然絕大多數人是天主教徒，他們還帶來瞭本國著名而獨特的部隊，如比利時的騰躍兵（voltigeurs）、匈牙利的驃騎兵、奧地利的獵兵（jaegers）、波蘭的烏蘭騎兵（Uhlans）等等。

並非所有的外國軍都是歐洲人，埃及的貝伊（Bey）派來1個蘇丹人部隊的營，額定450人，用來綏靖韋拉克魯斯，在那裡他們贏得瞭異常兇猛的名聲。

法國軍隊中還有黑人，例如馬提尼克島的志願者，帝國軍可能是世界上種族最多樣化的武裝之一。

共和黨和出身薩波特克族的總統喜歡將這場戰爭描述為"印第安人和混血墨西哥人同邪惡的歐洲白人之間的鬥爭"，因此皇帝試圖展示他追隨者種族的多樣性以示反擊。在一張普通的明信片上同時印有歐洲血統的米拉蒙將軍，印第安人梅西亞將軍和有印第安血統的混血人拉蒙. 門德斯將軍（Ramon Mendez）。

帝國軍從未得到公正的機會證明自己，法國人的撤離恰逢美國向共和黨大量輸送資金，物資，武器，火炮，甚至是人員。因此大部分人認為一旦法軍撤離，帝國的命運已註定失敗。

盡管如此，帝國軍中的一些部隊確實在他們的同胞中贏得瞭名望，有些甚至在整個墨西哥都名聲狼藉。不過最臭名昭著的是法國上校查爾斯. 杜賓（Charles Du Pin）率領的反遊擊隊，這是一支人員混雜的隊伍，甚至有些美國志願者，盡管他們沒有贏得多少朋友（實際上，他們的被俘者通常會被共和黨立即處決），卻也非常擅長這一工作。

當然帝國軍最薄弱的部隊是炮兵。法國人在離開時帶走瞭火炮，當美國陸軍向共和軍輸送瞭現代化、有膛線的火炮後，帝國軍處於絕對的劣勢，最後隻能用一些非常古老的法國、西班牙滑膛炮。

在戰爭的最後，帝國軍隊面臨的最大問題是逃兵。在一個長期以士兵變節而聞名的國傢裡，共和黨似乎占瞭上風，越來越多的士兵（甚至在戰鬥中）離開瞭。盡管這樣，在不利的情況下他們表現出色的堅持到瞭令人痛惜的結局。現代大多數歷史學傢對馬克西米利安的帝國保有敵意，對胡亞雷斯來說諷刺的是，他試圖理解為什麼馬克西米利安在最絕望的狀態下，仍然能在克雷塔羅的決戰中擁有那麼多部隊。

步兵，城市衛隊和騎兵號手

墨西哥獵兵

墨西哥帝國軍步兵

宮廷衛隊

a9d9206e2353cdfac3995398d66b22d5憲兵和騎兵

墨西哥城城市衛隊