凝膠遷移實驗（Electrophoretic Mobility Shift Assays， EMSA）是用於確定蛋白質是否與特定的DNA片段結合的實驗。隨著應用與技術的發展，現在也逐漸應用於檢測蛋白質與RNA的相互作用（例如碧雲天新推出的化學發光法RNA EMSA試劑盒）。

*EMSA，也稱gel shift獲得的結果是體外的(In Vitro)目標蛋白和預期基因組DNA或RNA片段的結合結果，可以推斷細胞內也發生類似的結合。

實驗原理：該實驗主要基於DNA/蛋白質或RNA/蛋白質復合物在聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）中有不同遷移率的原理。如圖1所示，使用生物素或同位素等標記核酸探針，蛋白質與相應的核酸結合後在聚丙酰胺凝膠電泳條件下，遷移速率低於未發生結合的核酸，產生“滯後”條帶（shift band）。

圖1.EMSA實驗原理。

實驗分組通常情況下做EMSA實驗需要包括以下分組（如圖2）：

1.陰性對照：僅有標記探針，用來確定探針裡是否有雜質；

2.常規反應：含激活的目的轉錄因子的核蛋白＋標記探針；

3.探針冷競爭反應：含激活的目的轉錄因子的核蛋白＋標記探針+標記探針100倍量的未標記探針，判斷探針結合特異性，排除假陽性，如果未標記探針（即冷探針）可以競爭結合蛋白，表明所使用的探針是特異的；

4.突變探針的冷競爭反應：含激活的目的轉錄因子的核蛋白＋標記探針+標記探針100倍量的未標記突變探針；進一步驗證探針特異性；

5.Super-shift反應：含激活的目的轉錄因子的核蛋白＋標記探針+目的轉錄因子的特異抗體，進一步驗證探針特異性及確定與探針結合的蛋白是否是預期蛋白。

971844a06fdc7e01b5b726e0dafd7d02圖2.一個典型的EMSA/Gel-Shift分析圖。

客戶案例

案例一：

2023年1月18日，中國科學院青島生物能源與過程研究所呂雪峰、朱濤等人與德國佛萊堡大學合作，在Nature Communications（IF:17.694）雜志上合作發表瞭題為CvkR is a MerR-type transcriptional repressor of class 2 type V-K CRISPR-associated transposase systems的研究成果，該研究鑒別瞭cyanobacterium Anabaena sp基因組中由一個CAST (AnCAST)系統基因編碼的MerR型轉錄調節因子Alr3614及其同源物，為CAST系統原型工作模式的認知及基因編輯工具開發提供瞭新思路。

特別地，該研究所涉及的EMSA實驗主要使用瞭碧雲天化學發光法EMSA試劑盒（GS009）和BeyoECL Plus (超敏ECL化學發光試劑盒)(P0018)。

案例二：

2021年5月13日，中國農業大學劉金華及寧夏大學魏凡華共同通訊在Nature Microbiology （IF:30.964）雜志上發表題為IFI16 directly senses viral RNA and enhances RIG-I transcription and activation to restrict influenza virus infection的研究成果，該研究瞭證明DNA感應器IFI16增強IFN-I的產生以抑制甲型流感病毒（IAV）復制。

特別地，該研究使用碧雲天EMSA探針生物素標記試劑盒（GS008）成功對目標DNA進行瞭標記。

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