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以下是原文
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相信搜索到这篇文章的小伙伴们对结构精修多少有些了解。这里简单提一下精修的作用:
a. 对材料相结构进行深度分析,包括相组成,晶胞参数,尺寸,密度,原子占位和占比等;
b. 可分析晶粒大小,择优取向,内部应力等;
c. 对于多相物质能分析各相的占比;
d. 分析陶瓷材料掺杂对结构的影响等。
e. last but not least 可以提升论文质量!
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本文主要聊一下GSAS-EXPGUI精修软件及其使用方法,不涉及理论,请上车的小伙伴们坐稳扶好。
GSAS (General Structure Analysis System)是一款数据精修软件,开发者是A.C. Larson 和 R.B. Von Dreele[1]。GSAS可用来处理粉末XRD,单晶衍射,中子衍射等类型数据。初代GSAS基于DOS窗口,通过输入指令控制精修过程。
随着Windows的普及,DOS控制对一般用户而言变得不友好。因此2001年,B.H. Toby在GSAS基础上推出了用户交互界面的EXPGUI软件[2]。EXPGUI通过鼠标和键盘即可控制参数,使用起来非常方便,此外,软件所提供的画图功能也可实时追踪精修进度,因此受到学者们广泛好评。EXPGUI下载地址
网站提供了Windows, Mac和Linux版本的下载通道。点击对应的版本即可进入下载。
此外这里提供了Windows版本的连接,如果上述网页打不开的小伙伴请移步百度网盘:
链接: https://pan.baidu.com/s/1nh4_34BIKX45ECKaSMwYwg 提取码: xdcb
目前最新版本是GSASII,基于python语言由美国橡树岭国家实验室开发[3]。新版软件提供了更加丰富的用户界面,更完善的模型工具和更高的数据兼容性。需要的小伙伴可以猛戳下面地址下载:
由于本文主要针对EXPGUI精修操作的讲解,暂不涉及GSASII,本质上两者使用的是相同的计算方法,以后会抽时间讲解GSASII的使用。
EXPGUI安装简单,Windows用户直接双击下载的软件包,按照安装教程操作即可。
安装成功后,桌面上出现EXPGUI图标
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在开始使用EXPGUI之前,需要准备以下数据:XRD数据,模型文件Cif,仪器参数prm文件。那位说了:"你快别说了,XRD我知道,但是这个Cif文件是什么?仪器参数文件又是啥?"
别急,一个一个来。
(1)XRD数据 .gsas
常见的实验室xrd数据格式有raw, xy, xrdml, gsas等,这里需要的是gsas格式的数据。如果你手里不是该格式数据,则需要转换格式。这里有一个免费软件Powdll converter可供使用。点击红色框区域下载安装即可。安装完成后讲xrd数据拖进软件,选择输出格式为gsas。
(2)Cif模型文件 .cif
Cif文件是一种常见的提供结构信息的文件。它的全称是Crystallographic Information File。该文件格式由国际晶体学会指定,提供晶体结构信息。一个完整的Cif文件应该包括以下重要信息:
Cif文件下载地址有很多,如ICSD 库(用学校账户登录),COD(免费)等.
知道了在哪获取Cif文件,在精修之前需要对自己的材料结构比较了解,知道空间群和原子位置。可以通过查阅文献,对比Jade PDF卡片库等方式获取,这里需要提的是,前人报道的结构不一定完全正确,需加以甄别,这也是晶体结构学至今仍然在发展的原因。如果知道了空间群,可以登录上述文章内提供的数据库,这里以ICSD库为例:输入化学式中元素种类和个数,点击Run Query。
找到对应的Cif文件,点击下载即可。
(3)仪器参数 .prm
EXPGUI自带一个仪器参数文件,inst_xry.prm,在C:GSASexample路径下,如果你选择自动安装的话,否则需要更换路径中的盘符,例如E:GSASexample。仪器参数文件非常重要,原则上需要根据实际测样的仪器参数来修改该文件,它包括Kα1、Kα2波长,样品零点漂移等。
准备好以上三个文件之后,将它们放入同一个文件夹,方便取用。
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此次精修我以SnO2为例,该gsas数据文件已放在网盘,需要的同学请尽情下载使用:
链接: https://pan.baidu.com/s/1xnXDAWv2PPeIev3xzIc4Aw 提取码: 467v
3.1 建立项目
双击打开桌面图标,看到以下界面,选择好工作路径之后,输入项目名称,注意名称不能有空格和特殊符号,否则报错。完成后点击Read。在弹出窗口上选择Create.
随后输入一个名称,可以是样品名,这里我使用SnO2为例。
选择Continue,接下来看到一个如下对话框,选择Add phase。
之后弹出对话框,可以选择手动输入晶胞参数信息,亦可通过读取Cif文件自动输入。这里选择读取,在弹出的列表中选择第二个Crystallographic information file (cif), 找到刚才下载的cif文件所在路径,选择open。
自动弹出如下对话框,选择Continue之后,在弹出的框中继续选择Continue。
点击add atoms
获得如下界面,此时选择Powder
进入Powder界面后选择Add new histogram
在弹出界面选择Select file,分别添加gsas数据和prm文件。
添加好数据之后,点击add完成。
现在一切就绪,可以开始精修了,小伙伴你是不是已近等不及了呢?说实话码字码到这里我自己都等不及了, 23333333333。
3.2 开始精修
坐稳啦各位,现在要做的是选择Edit Background, 在弹出界面Function type选1,Number of terms选6-24任意数字(并不一定越大越好,需要视情况而定),然后勾上Refine Zero之后的小方框。
点击Powpref,弹出对话框,按任意键继续。选择Load New。重复该步骤两次,然后点击旁边的genles。
一开始wRp值比较高,没关系,可以多点几次,任意键继续。选择Load New。
重复genles过程直到出现收敛。
选择Phase, 在refine cell后打勾,重复genles步骤直到收敛。这时需要再重复一次Powpref-genles过程。点击Live plot查看精修效果图
可以看到峰位置没问题,峰形需要进一步改善。此时选择Profile,在GU和LX前打勾,并执行genles。
可以看到wRp值明显降低。继续执行genles直到收敛。
此时选择Phase, 用鼠标拖拽选中所有原子,并在u前方打勾。之后执行genles。
wRp进一步降低,查看Liveplot,看到精修图明显改善。
至此本文大部分工作已经结束,精修结果储存在同路径下 .lst文件中,使用记事本即可打开,直接翻到最后部分,就是最后一次refine的结果。包括晶胞参数,晶胞体积,原子位置,热值,晶胞密度等等
有以下几点说明:
由于示例中这个样品相对简单,故不需要设置约束条件。同时由于XRD对轻原子不灵敏,因此在精修过程中不建议修氧原子或氢原子位置,很大概率会报错。如果遇到报错,点击expedt,输入d,回车,然后输入y,回车即可向前返回一步。其它参数如原子吸收,择优取向等则需视情况而定。对多相材料,也可进行精修,过程差不多,只不过麻烦一些。
GSAS软件整体用起来感觉界面简洁,收敛计算快速。小伙伴们可以自己探索一番,利用示例数据看能不能进一步改进精修效果。
有问题的小伙伴欢迎留言或者私信我,我看到就会回复。
码字不易,且看且珍惜。
最后祝大家论文发表顺利。
参考文献:
[1] A.C. Larson and R.B. Von Dreele, General Structure Analysis System (GSAS), Los Alamos National Laboratory Report, LAUR 86-748 (2004).
[2] B.H. Toby, EXPGUI, a graphical user interface for GSAS, J. Appl. Cryst. 34, 210 (2001).
[3] Toby, B. H., & Von Dreele, R. B. (2013). "GSAS-II: the genesis of a modern open-source all purpose crystallography software package". Journal of Applied Crystallography, 46(2), 544-549.
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