原创：hxj7

关键词：reverse; complement; sequence;

如何得到一段基因序列的反向互补序列？这是基因测序领域经常遇到的问题。其实答案很简单，许多现成的软件都有这个功能。但是作为一个生信人，当然可以自己实现一个了。

首先想到的也是最基础的方法就是利用多个if…else…的语句进行判断选择。这种方法太笨拙，写出来的代码很不好看。今天我们分享几种好一点的方法。

Shell版本：tr命令和rev命令

Python版本：基于字典

代码如下：

这种方法简短优美，一目了然。与使用多个str.replace()函数相比其效率较高，因为上面的代码只需遍历原始字符串一次就够了，而多个str.replace()函数需要遍历字符串多次。

此外，上面的代码中字符串反向用到了一个Pythonic的写法：s[::-1]。更多Pythonic的句法可参考拙作《Python（一）让你的代码更加pythonic》。

C版本：基于数组

代码如下：

这种方法利用了字符的ascii码，即可以将字符映射为一个数字。而这个数字又可以转化为字符数组的序号（index），从而完成字符到字符的映射。C的版本是目前最快的！

值得注意的是，上面代码中的数组不光可以完成“AGCTN”这几种最常见堿基间的映射，还可以实现’B’与’V’、’D’与’H’、’R’与’Y’等简并堿基（Degenerate bases）间的映射。该数组由lh3在seqtk中给出。

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（公众号：生信了）