从3分SCI文章分析,miRNA与mRNA相互预测全搞定!

miRNA自从火起来,热度就一直没降过。本文通过多种在线数据库实例化草掘mPRNA和mRNA,讲解miRNA与mRNA如何相互预测

miRNA预测mRNA

1、 Targetscan数据库预测

以hsa-miR-486为例(hsa表示种属为人)

网址:http://www.targetscan.org/mamm_31/

点击获得结合位点详细信息

2、 miRDB数据库预测

以hsa-miR-486-5p为例

网址:http://www.mirdb.org/

3、RBPmap数据库预测

以hsa-miR-486-5p为例

网址:http://www.mirbase.org/

有多个数据库结果供选择,点击链接获得详细内容

mRNA预测miRNA

1、 Targetscan数据库预测

以人(human)smad 5为例

网址:http://www.targetscan.org/vert_72/

miRNA的信息,加权分数、结合率等等

2、http://microRNA.org数据库预测

网址:http://www.microrna.org/microrna/home.do

输入miRNA名字(可同时输入多个)

以smad 5为例,物种选择为所有

网址:http://www.microrna.org/microrna/home.do

mirSVR:热力学稳定性大小(要求小于等于-0.1)分值越低,表明miRNA-mRNA二者结合稳定性越强,相应miRNA下调基因的可能性越大

PhastCons:为基因非翻译区在各物种中进化保守性的强弱(大于等于0),保守性越大约好


分子生物学、细胞生物学、免疫学,论文基金申请写作,SCI润色。可私信沟通或V.X联系:potterlee。

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