成吉思汗統一全蒙古之後，率領蒙古人開啟瞭征服世界的歷程，也使得蒙古人從斡難河畔走向瞭更廣闊的的天地。

元朝滅亡之後，成吉思汗建立的體系開始崩塌，在明清兩朝的打擊下、內部的不斷紛爭重組中，蒙古族開始瞭以新的形態出現。

北元滅亡之後，蒙古經過一系列的紛爭與分裂重組，想要理清其中的頭緒，實在不是一件容易的事情。

元順帝北逃之後，蒙古分裂為瓦剌和韃靼兩部。其中韃靼又稱為蒙古本部，瓦剌位於韃靼的西北。按照地理方位，可將此時的蒙古主體分為東蒙古和西蒙古。

1.達延汗時代

明英宗時期，東蒙古的大汗是蒙古人的共主，黃金傢族的後裔脫脫不花。元朝皇室後裔脫脫不花一共兄弟三人：脫脫不花、阿噶巴爾濟、滿都魯。瓦剌首領也先短暫統一瞭蒙古各部，也先攻殺蒙古大汗脫脫不花，建號稱汗。

也先隨後在瓦剌的內訌中被殺，脫脫不花兄弟一系的滿都魯後來被擁立為汗，大敗瓦剌，瓦剌開始西遷。

滿都魯死後，其妻滿都海擁立阿噶巴爾濟的孫子巴圖孟克為汗，就是著名的達延汗。

滿都海與達延汗先後東征西討，基本上統一瞭東蒙古各部，達延汗也成為也先之後又一位統一蒙古的英雄。為瞭蒙古人的長治久安，達延汗開始進行新一輪的社會改革。

達延汗屬下的東蒙古包括左翼察哈爾、喀爾喀、兀良哈；右翼鄂爾多斯、永謝佈、土默特共六個萬戶，還有科爾沁部、朵顏、泰寧、福餘三衛。達延汗本人直轄察哈爾萬戶，統領左翼三萬戶，長子圖魯博羅特繼承掌管察哈爾萬戶，三子巴爾斯波羅特統率右翼三萬戶。

以下介紹比較重要的幾個萬戶：

• 察哈爾部作為大汗的直屬部落，來源於成吉思汗的“怯薛軍”，本部包括8個鄂托克（部）組成，稱為察哈爾八部。
• 喀爾喀部包括內五鄂托克喀爾喀和外七鄂托克喀爾喀共12鄂托克（部）
• 兀良哈萬戶原居於貝加爾湖附近，一部南遷朵顏山，就是明朝的朵顏衛。其餘的保持原有的結構成為東蒙古六萬戶之一。
• 鄂爾多斯萬戶，奉命守衛存放成吉思汗遺物的八白室的部落，因為在明朝時期該部落進駐河套的鄂爾多斯地區而得名，共有12鄂托克。
• 永謝佈萬戶，主要由永謝佈、喀喇沁、阿蘇特三部組成。阿蘇特部是被蒙古征西大軍帶回東方的伊朗人後裔，已經完全蒙古化瞭；永謝佈部來源復雜，包括欽察人、佈裡亞特、阿速衛、喀喇沁等部民組成；喀喇沁部遠祖是成吉思汗的大將者勒蔑，部民包括元朝皇室的護衛親軍欽察衛、阿速衛等，灤河上遊的察罕腦兒行宮的各族工匠，以及陸續加入的瓦剌部落。
• 土默特萬戶，源自古老的林木中百姓禿麻部，包括12個大部落和一些小部落，稱為12土默特。

科爾沁部：是成吉思汗弟弟合撒兒的後裔組成，內部包括科爾沁、杜爾伯特、郭爾羅斯、紮賚特、阿魯科爾沁、四子部落、茂明安、烏拉特等。

達延汗共11個兒子，為瞭鞏固統治，分封諸子領有各部。6個萬戶中，兀良哈萬戶沒有分封給子弟。

達延汗去世之後，三子統轄右翼三萬戶，搶占汗位。後來將汗位歸還卜赤，其濟農職位由長子袞必裡克繼承。

袞必裡克濟農繼位之後帶領五個兄弟征戰四方，擴張右翼勢力，他的弟弟俺答汗在父兄的庇佑之下占據瞭土默特萬戶。並且將其叔父的多倫土默特也納入旗下。達延汗第十子烏把傘青臺吉死後，二子紛爭，其中的阿蘇特和永謝佈兩部被濟農的六弟占據，喀喇沁部被濟農的四弟占據。至此，東蒙古右翼三萬戶中的絕大部分都落入瞭濟農兄弟手中。

2.俺答汗時代

隨著右翼勢力的上漲，左翼江河日下，即使在卜赤駐帳的察哈爾萬戶之內，克什克騰、敖漢、奈曼等部也屬於其叔父領有。兀良哈萬戶未被分封，獨立性非常強，經常攻擊其他各部。卜赤汗隻有察哈爾萬戶和喀爾喀萬戶可用，難以抵擋兀良哈萬戶的進攻。執掌土默特萬戶的俺答汗迅速在協助卜赤汗“平叛”的戰鬥中崛起。

袞必力克濟農和卜赤汗會盟討伐兀良哈部，最後分解瞭兀良哈萬戶，將其肢解並入其他五萬戶中。袞必力克去世之後，俺答汗代理統率右翼三萬戶，成為實際上的右翼領袖。俺答汗駐帳於富庶的河套地區，發展經濟，收留逃亡漢人開展農業活動，很快成為北疆最強大的勢力。隆慶二年，俺答汗遠征衛拉特部（瓦剌），迫使衛拉特諸部繼續西遷，奪取瞭包括和林在內的漠北地區，使其成為外喀爾喀七部的領地，即是外蒙古的前身。

俺答汗對內成為東蒙古內最強大的力量，擊敗衛拉特諸部，對明朝采取大規模軍事行動。成為草原上的新霸主，並且引入藏傳佛教中的黃教進行思想控制，維護自己的統治。並且註重發展實力，搶占地盤，讓自己的子婿率領部眾進入青海、甘肅遊牧，逐步開啟瞭蒙古與西藏接觸的時代。

1578年，俺答汗在青海湖邊與藏傳佛教領袖索南嘉措會見。二人互贈尊號，格魯派開始在蒙古各部中傳教。

在俺答汗強盛的同時，達延汗的嫡系子孫雖然繼承瞭大汗之位，卻受到瞭土默特部巨大的威脅，於是察哈爾部開始東遷。東遷至遼河地區的察哈爾部直接與明朝、女真人為臨，參與到滿洲統一中國的進程中去瞭。

時間來到明朝末年，由於蒙古諸部分別駐牧於漠南、漠北、漠西、甘肅、青海等地，各部首領子孫繁衍，支系眾多，不斷兼並重組，出現瞭許多新的部落名稱。

習慣上將大漠以南，長城以北的蒙古各部成為漠南蒙古。漠南蒙古分左右兩翼，左翼包括察哈爾諸部、內喀爾喀五部、科爾沁兩部、兀良哈三衛；還有合撒兒後裔的茂明安部、烏拉特部；成吉思汗幼弟斡赤斤後裔的四子部、翁牛特部；別勒古臺後裔的阿巴哈納爾等部。

察哈爾萬戶屬下的克什克騰部、浩齊特部、敖漢部、奈曼部、蘇尼特部、烏珠穆沁部等，由大汗世襲統治，萬歷三十一年（1603年），林丹繼大汗之位，就是林丹汗。

3.明末清初

俺答汗之後的右翼繁衍出許多支系，但是整體比較穩定，鄂爾多斯萬戶與土默特萬戶諸部形成兩個穩定的部落集團。永謝佈萬戶的各部以喀喇沁、永謝佈、阿蘇特各部最強，逐漸自立。

鄂爾多斯部由袞必力克濟農後代世襲，主要活動於河套一帶，是明朝所稱的“套部”。後世逐漸紛亂，分為數十個部落。

土默特部由俺答汗後代世襲統治，俺答汗去世後，子孫逐漸衰落；喀喇沁部向東發展，強盛時期擁有數十個部落，幾十萬部眾；永謝佈、阿蘇特兩部進入甘肅、青海，部眾數十萬，成為西北強大的勢力。

漠北外喀爾喀七部，是喀爾喀萬戶的一部分，格埒森紮去世後，七個兒子分領外喀爾喀七部，俺答汗擊敗衛拉特之後，外喀爾喀人進占和林地區。格埒森紮的孫子阿巴岱父子後來屢次大敗衛拉特，逐漸占據全部漠北地區。萬歷十五年（1587年），阿巴岱前往歸化謁見第三世達lai喇嘛,獲尊號“瓦齊爾汗”，從此喀爾喀諸部稱汗。

1603年，明萬歷三十一年，林丹汗繼位。此時明朝政治腐敗、財政枯竭，建州女真崛起，努爾哈赤統一女真各部，開始與明朝和蒙古發生沖突。林丹汗因在宗教信仰問題上失去瞭藏傳佛教格魯派的支持，轉向噶瑪噶舉派，導致信仰格魯派的蒙古諸部的孤立。林丹汗目光短視，對外與明朝和後金時戰時和，要挾明朝廷給予其賞賜，又經常襲擾明朝軍隊，使面對後金軍隊的明朝捉襟見肘。對內欺凌各部，導致科爾沁、內喀爾喀諸部離心，反而與努爾哈赤結盟。

1632年，皇太極征討林丹汗，林丹汗撤往西部，不僅未能團結鄂爾多斯、土默特諸部，反而殘殺各部屬民，人心渙散。皇太極追擊至歸化，林丹汗逃往青海，在甘肅境內病亡。察哈爾部隨後被後金攻滅。漠南蒙古諸部歸順後金。

崇禎九年，公元1636年，漠南蒙古16部，49名首領在盛京擁戴皇太極為蒙古大汗“博格達·徹辰汗”。