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开始准备国自然标书的小伙伴们有没有想用生信分析做前期研究基础的打算?如果有的话你还在用TCGA和GEO吗?数据是不是都被挖掘的差不多了?今天小薇就和大家介绍一个国产数据库:中国脑胶质瘤基因组图谱计划(Chinese Glioma Genome Atlas, CGGA)。
这个数据库是2021年由江涛教授作为发起人和创建者启动的。(http://www.cgga.org.cn/)。该数据库旨在通过基因组学技术结合生物信息学分析方法,全面绘制中国人群的脑胶质瘤基因组图谱,从中探寻脑胶质瘤发生、发展过程中的驱动因子以及关键信号通路,为脑胶质瘤的分子分型和药物靶点研发提供指导和脑胶质瘤精准医学全链条的发展奠定基础,同时也让国内外更多从事脑胶质瘤的研究者可以对该数据库进行有效挖掘与利用。
我们下面来具体看看数据库的主页吧,主页分为以下几个模块:数据库简介、最新更新的数据、目前包括的数据种类和数据量。
数据库的主要工具包含以下几部分:最新IF查询、生信常规分析以及图片绘制。
今天我们具体针对以下几个feature进行介绍:
1.“基因突变图谱”模块–对感兴趣基因集合的突变谱进行可视化
还可以对突变基因的生存进行可视化,我们以IDH1为例:
2.“基因表达分布”模块–对感兴趣基因的表达分布进行可视化
还可以对共表达基因的表达相关性进行可视化哦:
3. “DNA甲基化模式”模块–对感兴趣基因的甲基化水平进行可视化
同样的,共表达基因的相关性图也可以被可视化:
后面的miRNA相关模块与上述几个模块的使用方法类似,直接点击进去,输入你感兴趣的基因即可,会展示相应miRNA的表达、共表达关系以及生存图。
以上就是小薇今天的知识点分享,希望对你的科研学习有帮助。
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小薇往期还分享过很多有用的网站,感兴趣的小伙伴欢迎点击查看(关注小薇,科研不迷路):
内参基因选择:https://zhuanlan.zhihu.com/p/586010576
pubmed使用小技巧:https://zhuanlan.zhihu.com/p/539057156
图片反向检索文献:https://zhuanlan.zhihu.com/p/537661008
多疾病动物模型构建指导:https://zhuanlan.zhihu.com/p/531178496
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