线程也不是越多越好，多少是好？
前面我们评估了不同大小基因组构建索引所需的计算资源和时间资源和不同大小数据集比对所需的计算资源和时间资源。
下面我们进一步看下不同线程数的影响。
测试电脑配置
- 这是一个
10核、20线程的处理器，主频2.8 G HZ，可超频到5.2 GhZ。 - 在Windows系统上安装了Ubuntu子系统进行的测试。
测试指定不同线程数对速度提升的影响
因为测试电脑是最多20线程，这里指定1-25共25个测试线程，程序如下：
# 10核心 20 线程
for thread in `seq 1 25`; do
i=SRR1039517
mkdir -p ${i}
/usr/bin/time -v -o star.${i}.thread${thread}.log STAR --runMode alignReads
--runThreadN ${thread}
--readFilesIn ${i}_1.fastq.gz ${i}_2.fastq.gz
--readFilesCommand zcat --genomeDir star_GRCh38
--outFileNamePrefix ${i}/${i}. --outFilterType BySJout --outSAMattributes NH HI AS NM MD
--outFilterMultimapNmax 20 --alignSJoverhangMin 8 --alignSJDBoverhangMin 1
--alignIntronMin 20 --alignIntronMax 1000000
--alignMatesGapMax 1000000
--outFilterMatchNminOverLread 0.66 --outFilterScoreMinOverLread 0.66
--winAnchorMultimapNmax 70 --seedSearchStartLmax 45
--outSAMattrIHstart 0 --outSAMstrandField intronMotif
--genomeLoad LoadAndKeep
--outTmpDir /tmp/${i}/
--outSAMtype BAM Unsorted --quantMode GeneCounts
du -s ${i} | awk 'BEGIN{OFS="t"}{print "Output_size: "$1/10^6}' >>star.${i}.thread${thread}.log
done
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